Ngày 11 tháng 4 năm 1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh viết thư gửi điền chủ nông gia Việt Nam kêu gọi tham gia hợp tác xã nông nghiệp. Sau lời kêu gọi của Người, hàng loạt cơ sở kinh tế hợp tác được thành lập và các hợp tác xã phát triển mạnh mẽ vào những năm 50-60 của thế kỷ XX. Cùng với quá trình phát triển của phong trào hợp tác xã ở Việt Nam, các cơ quan quản lý, tổ chức đại diện và hỗ trợ cho các hợp tác xã cũng từng bước được thành và phát triển. Năm 1955, Ban quản lý hợp tác xã mua bán Việt Nam được thành lập. Đến năm 1961 thành lập Liên hiệp xã tiểu thủ công nghiệp Việt Nam. Đây là hai tổ chức cấp quốc gia quản lý, đại diện, hỗ trợ các hợp tác xã mua bán và tiểu thủ công nghiệp trên quy mô cả nước.
Ngày 18/12/1991, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính phủ) ra Quyết định số 409/CT thành lập Hội đồng Trung ương lâm thời các doanh nghiệp ngoài quốc doanh Việt Nam trên cơ sở hợp nhất Liên hiệp Hợp tác xã tiểu thủ công nghiệp Trung ương và Ban quản lý hợp tác xã mua bán Việt Nam. Ngày 30/10/1993, Đại hội đại biểu toàn quốc các hợp tác xã Việt Nam lần thứ nhất được tiến hành. Đại hội đã thông qua Điều lệ Hội đồng Trung ương Liên minh các hợp tác xã Việt Nam là tổ chức hỗ trợ, đại diện và bảo vệ quyền, lợi ích cho các hợp tác xã thuộc các lĩnh vực tiểu thủ công nghiệp, giao thông vận tải, thương mại dịch vụ, xây dựng và các ngành nghề phi nông nghiệp khác. Điều lệ của Hội đồng Liên minh hợp hợp tác xã Việt Nam được Thủ tướng Chính phủ chuẩn y tại Quyết định số 582-TTg/QĐ ngày 01/12/1993. Đến nay, Điều lệ của Liên minh hợp tác xã Việt Nam được Thủ tướng Chính phủ chuẩn y tại Quyết định số 105/QĐ-TTg ngày 24/01/2017.
Kể từ khi Luật Hợp tác xã đầu tiên được Quốc hội thông qua năm 1996, có hiệu lực thi hành từ 01/01/1997 đến Luật Hợp tác xã 2003 và Luật Hợp tác xã năm 2012 đã tạo hành lang pháp lý thuận lợi cho khu vực hợp tác xã phát triển.
